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个体注册商标和公司注册商标主要有以下区别。
1、主体不同：个人申请商标，申请人需要是个体工商户负责人或者农村承包经营者负责人等自然人，而公司申请商标，申请人则是公司名义。
2、提供的证明文件不同：个人申请商标需要提供个体工商户营业执照复印件和身份证复印件，而公司申请商标需要提供公司营业执照复印件，商标权的归属也有所不同，个人申请的商标所有权归属于个人，而公司申请的商标归属于公司，这意味着商标的使用权会随着企业注销而失去，商标注册的风险承担也有所不同，个体承担无限连带责任，而公司承担的是有限责任，在商标转让方面也存在差异，个人商标转让需要商标代理机构办理，而公司商标转让可以直接由公司名义办理，商标的使用也有所不同，个人注册商标可以在定制品上使用持有人名字和个人农副产品的通用名称上标明注册标记，而公司注册的商标则必须严格按照规定使用。
3、商标使用方式：对于个体户注册的商标主要用于商品或服务上，方便消费者识别商品来源或提供服务提供者，而公司注册商标的灵活性更大，既可以许可他人使用收取许可费，也可以进行质押融资甚至转让商标获得收益，公司注册商标还可以通过变更、转让等流程进行资产转移或重组等资本运作。
个体注册商标和公司注册商标在申请主体、提供的证明文件、商标权的归属、风险承担、转让方式和使用方式等方面存在明显的差异，需要根据自身需求和发展规划选择适合的商标注册方式，更多详细信息可咨询专业的商标代理机构或法律顾问。